國立高雄師範大學環境檢驗中心之前身為本校環境教育研究所微生物檢驗實驗室，並於2003年7月，由當時環境教育研究所（現為科學教育與環境教育研究所）林裕森老師（現任教本校人力與知識管理研究所）與研究生數人，遠赴國際知名之美國匹茲堡退伍軍人醫院特殊病原菌實驗室(Special Pathogens Laboratory, VA Pittsburgh Medical Center)，學習相關實驗標準流程操作，並取得退伍軍人菌檢驗員認證資格。
回國後，林老師積極籌備環境微生物檢驗實驗室的認證條件及要項，於2003年10月30日通過美方的評鑑，成為美國聯邦政府退伍軍人醫院特殊病原菌實驗室在全世界第3所、亞洲地區的第一所的退伍軍人菌認證檢驗實驗室，並於2005年8月1日正式改名成立「國立高雄師範大學環境檢驗中心」。
本中心的成立，不僅代表本校(國立高雄師範大學)將成為環境檢驗的先驅，也象徵本校從學術研究邁向為社會提供科技研發服務的新里程碑。
